Die gotische Kirche wurde in der Nacht zum 15. Juli 1553 im Markgrafenkrieg durch Bundesständisch Truppen zusammen mit dem Pfarrhaus und vielen Häusern im Dorf bis auf die Grundmauern niedergebrannt. Damit waren auch alle Kirchenbücher und Akten vernichtet.
Der Wiederaufbau der Kirche als gotischer Steinbau begann 1556. Das Pfarrhaus wurde bereits 1559 neu erbaut und der Turm schließlich 1592 vollendet. Die Geldmittel kamen aus den Pfarreinkünften, aus Spenden sowie zu einem großen Teil aus dem Erlös einer Sammlung im weiten Umland.
Flucht auf die Plassenburg
Im Dreißigjährigen Krieg, besonders 1632 bis 1634, erlitten Kirche und Ortschaft wiederum großen Schaden. Die Einwohner von Melkendorf und Umgebung waren mit ihrem Hab und Gut in die umliegenden Wälder oder auf die Plassenburg geflohen. So war es für die Feinde ein Leichtes, die Häuser zu plündern und zu brandschatzen. Auch die Kirche wurde ausgeraubt, aber nicht zerstört. In einem heimlichen Gelass - hoch im Gewölbe der Kirche - hatten die flüchtenden Einwohner versteckt, was ihnen teuer und wertvoll war: Kleidung, Salz und Rauchfleisch, Kisten mit Getreide und Mehl, Bettfedern in Kissen, Honigtöpfe, auch Fässer mit Bier und Wein. Ein Verräter führte aber die Feinde zu dem Versteck. Die Kirchenfenster wurden zerschlagen, der Altar geschändet und die Opferstöcke aufgebrochen.
Völlig umgebaut
1730/1731 wurde die Kirche völlig umgebaut. Sie erhielt damals statt des Tonnengewölbes die herrliche Barockdecke, die noch heute eine Sehenswürdigkeit darstellt. Bei der vorletzten Renovierung von 1969 bis 1974 wurden vier Schichten Tünche abgewaschen, so dass die ursprüngliche Farbe, ein violetter Grundton, zum Vorschein kam.
2007 zuletzt saniert
Leider konnte Pfarrer Adolf Müller die feierliche Weihe der Kirche 1974 nicht mehr miterleben. Zuletzt wurde die Kirche 2007 unter Pfarrer Klaus Spyra saniert. Am Sonntag, 29. April 2007, wurde die St.-Aegidius-Kirche wieder eingeweiht. Seit 2020 führt Pfarrer Stephan Schmidt die Kirchengemeinde.
